Los algarrobos, especie vegetal nativa del Monte, revisten interés especial tanto por su uso humano como por su rol ecosistémico. Comprender sus interacciones con otros organismos, como los hongos micorrízicos arbusculares (HMA), es fundamental para elaborar planes de recuperación ambiental. Los HMA, microorganismos simbióticos de raíces vegetales, ofrecen importates beneficios, como el incremento en la captación de agua y nutrientes, a cambio de exudados nutritivos de origen vegetal, contribuyendo así a la supervivencia, salud y productividad de los ecosistemas. El presente trabajo evalúa la asociación entre HMA y algarrobos, siendo el primer informe nacional sobre esta relación en zonas desérticas del monte nativo. El objetivo del trabajo fue aislar e identificar HMA asociados a Prosopis sp. en La Ciénaga, San Juan, con implicancias para la conservación y agricultura sostenible. Para el muestreo se establecieron dos zonas de estudio: una cerca de un cauce de agua (A) y otra alejada del cauce (B). Se tomaron muestras de suelo para contar e identificar esporas. Se colectaron raíces para evaluar la colonización micorrícica. Los resultados mostraron diferencias significativas en la colonización de raíces y el número de esporas entre las zonas A y B, con una mayor colonización y número de esporas en la zona A. Los géneros dominantes de HMA identificados fueron morfotipos glomoide y acaulosporoide. Este estudio proporciona una aproximación fundamental sobre las poblaciones de HMA en San Juan, crucial para comprender los factores que influyen en estas poblaciones microbianas, con implicancias para la conservación ambiental, biotecnología y agricultura sostenible.